Якутск — наиболее контрастный по температурному режиму город мира. Климат резко-континентальный, с небольшим годовым количеством осадков. Зима в Якутске сурова, средняя температура января составляет около −40 °C, иногда морозы даже могут пересечь 60-градусную отметку (хотя такие морозы не наблюдались уже 50 лет, последний раз — в 1946 году). Зима длится с октября по апрель включительно, весна и осень очень коротки. Оттепели в период с декабря по март исключены. Также, был известен случай выпадения снега в июне.

В противоположность зиме, для лета, несмотря на его изменчивый характер, характерно небольшое количество осадков и часто — сильная жара. Палящий зной может достигать практически +40 °C, что для относительно северного города — очень высокое значение. Годовая амплитуда Якутска — одна из наибольших на планете, и примерно равна годовой амплитуде «полюсов холода» — Оймякона и Верхоянска, и превышает 100 °C (102,8 °C).

25 сентября 1632 года отряд енисейского сотника Петра Бекетова, обследуя берега реки Лены, заложил Якутский (Ленский) острог на правом берегу реки в 70 км ниже по течению от места расположения современного Якутска на земле борогонских якутов. С самого начала острог был достаточно многочисленным. Его гарнизон насчитывал 300 казаков. В 1634 году он пережил осаду со стороны якутов. В 1635 году местные казаки получили право называться якутскими казаками. В 1638 году острог стал центром новообразованного Якутского воеводства. В 1642—1643 гг. острог был перенесён на современное место — в долину Туймаада.

Переименован в Якутск в 1643 году. Якутск, являясь военно-административным и торговым центром всего Ленского края, с 1708 года был подчинен Сибирской губернии, с 1822 года — Восточно-Сибирскому генерал-губернаторству. В 1822 году Якутск становится областным городом, а с 1851 года Якутия получает статус самостоятельной области на правах губернии с центром в Якутске.

Особенно активное развитие Якутска связано с периодом губернаторства И. И. Крафта (1907—1913). В городе были построены электростанция, телефонная станция, открылся музей, был основан отдел Императорского географического общества.

Во время Великой Отечественной войны в городе находилось управление воздушной трассы Алсиб, по которой из США перегонялись самолёты, полученные по ленд-лизу.

В 1922—1991 гг. Якутск — столица Якутской АССР. C 1991 года — столица Республики Саха (Якутия).

Якутск расположен на левом берегу реки Лены. Действует речной порт. Бо́льшая часть грузопотока в отсутствии железнодорожного транспорта проходит именно через речной порт. Кроме того, речной пассажирский транспорт связывает город с населенными пунктами Якутии в бассейне Лены: Олёкминском, Сангаром, Жиганском. В связи с экономическими и техническими причинами с 2008 года прекращены регулярные рейсы на Хандыгу.

Добраться автомобильным транспортом до Якутска сложно: федеральная трасса А360 «Лена» доходит до посёлка Нижний Бестях, расположенного на правом берегу Лены, напротив Якутска. Сообщение с Якутском: летом — грузопассажирский паром, зимой (декабрь — апрель) — по льду реки, в период ледохода и ледостава сообщение возможно только по воздуху. Дорога имеет в основном гравийное покрытие. Участок Томмот — Качикатцы требует полной реконструкции, в связи с интенсивной эксплуатацией и отсутствием надлежащего технического обслуживания покрытие дороги полностью разбито. Частично действует федеральная автодорога «Колыма» (Якутск — Магадан). В 2007 году автодорога «Вилюй» (Якутск — Вилюйск — Мирный — Ленск — Усть-Кут — Тулун) включена в список федеральных дорог. Однако фактически такой дороги не существует. Участок Ленск — Усть-Кут является зимником, по которому автомобильное сообщение возможно около трёх месяцев в году. На участке Якутск — Мирный круглогодичное сообщение возможно только условно, в некоторых местах во время проливных дождей полотно дороги (как и в случае с автодорогой «Лена») превращается в болото. Остальные участки также нуждаются в реконструкции.

Активно ведётся строительство Амуро-Якутской железнодорожной магистрали (АЯМ). В настоящее время по железной дороге осуществляется пассажирское движение до ст. Томмот (570 км от раз. Бестужево на БАМе), грузовое — до ст. Кюргелях (773 км), рабочее — до ст. Кёрдем (925 км). По состоянию на конец 2010 г., уложена рельсошпальная решетка и открыто рабочее движение до ст. Кердем; просека трассы пробита на всем протяжении до ст. Нижний Бестях, где началось сооружение самой станции. К концу 2011 г. планируется зайти с укладкой пути на ст. Нижний Бестях. Прием в постоянную эксплуатацию участка Томмот-Нижний Бестях планируется в 2012—2013 г. Относительно конечного пункта магистрали принято решение о строительстве совмещённого железнодорожно-автомобильного моста через Лену в районе Старой Табаги и вокзала непосредственно в Якутске. Возведение моста планировалось начать в 2010 году.

В городе действуют два аэропорта: «Якутск» (основной; осуществляет внутренние республиканские, российские и международные рейсы) и «Маган» (запасной; расположен в одноимённом пригородном посёлке).

Городской и пригородный пассажирский транспорт представлен автобусами. Электротранспорта нет. В советское время и в первой половине 90-х годов все городские пассажирские перевозки обеспечивало муниципальное предприятие ЯПАП-1 (Якутское пассажирское автотранспортное предприятие). Затем постепенно на городских линиях муниципальные автобусы стали вытесняться коммерческими, как и во многих других городах России. Однако в отличие от них в Якутске примерно к 2005 году произошло полное замещение муниципального транспорта коммерческим. В настоящее время (2012) все пассажирские перевозки на внутригородских линиях осуществляют частники, организованные в НП «Союз-Авто» под патронажем отдела транспорта городской мэрии. Действует 16 городских маршрутов, обслуживаемых почти исключительно автобусами типа ПАЗ-3205. Автобусов большой вместимости на городских линиях крайне мало. Стоимость проезда на городском автобусе на начало 2012 — 15-16 руб. Муниципальное пассажирское автопредприятие реорганизовано в МУП «ЯПАК» (Якутская пассажирская автотранспортная компания) и, обладая небольшим парком автобусов типа ЛиАЗ-5256, обслуживает только пригородные маршруты, которые связывают Якутск с близлежащими посёлками в долине Туймаада — Кангалассами, Тулагино, Кильдямцами, Маганом, Жатаем, Хатассами, Табагой и Старой Табагой.

Существует и междугородное автобусное сообщение от автовокзала в Якутске, оно связывает столицу со сравнительно близкими, так называемыми «подгородными» улусами — Намским, Хангаласским, Мегино-Кангаласским, Амгинским, Чурапчинским, Таттинским и Усть-Алданским. Правда, кроме первых двух, все они находятся на другой стороне реки (так называемые «заречные» районы), поэтому с ними прямое сообщение из Якутска существует только в зимнее время. Также из Якутска ходят рейсовые автобусы до Алдана — до железной дороги.

В Якутске работают множество частных таксомоторных служб — полулегальные (с собственным автопарком, «шашечками», единой цветовой гаммой) и нелегальные (без каких либо атрибутов такси, водители на своих личных автомобилях). Счетчики отсутствуют, оплата оговаривается заранее и как правило зависит от расстояния. Между Якутском и другими населенными пунктами Якутии пассажирские перевозки осуществляют т. н. «улусные такси» (нелегальные частные перевозчики).

Энергетика:

• Якутская ГРЭС
• Якутская ТЭЦ

Промышленность:

Являясь административным и культурным центром региона, Якутск не располагает сколько-нибудь развитой промышленностью. Основные отрасли являются поддерживающими жизнедеятельность города. Более половины (53,3 %) приходится на продукцию топливно-энергетического комплекса, 17,7 % — пищевой промышленности, 11,1 % — алмазогранильного производства, 4,3 % — промышленности строительных материалов, 3,2 % — на продукцию металлообработки. Наиболее крупные предприятия:

• Якутский хлебокомбинат
• Якутский гормолзавод
• Кангаласский угольный разрез
• Мархинский ЗСМ
• ЯКСМК (Якутский комбинат строительных материалов и конструкций)
• ДСК (Домостроительный комбинат)
• Якутский газоперерабатывающий завод

Якутск крупнейший центр торговли и бизнеса в Якутии, предпринимательство составляет основу экономики города. Около 60 % трудоспособных горожан, а также большое количество незарегистрированных мигрантов из районов республики и других стран (Средней Азии, Кавказа, КНР), заняты в сфере торговли и услуг. В городе работают несколько рынков (Столичный, Сайсары, Крытый, Строительный, Авторынок), торговые центры, оптово-розничные склады, множество магазинов и киосков. В сфере коммерческих услуг широко представлены автосервисы, кафе, мини-гостиницы, парикмахерские, частные поликлиники, прачечные, ремонт электроники, агентства недвижимости, строительные и транспортные фирмы.